เนื้อเรื่อง
ผ่านไปสองปีครึ่ง นารูโตะกับจิไรยะเดินทางกลับมาหมู่บ้านโคโนฮะ ขณะเดียวกันกลุ่มแสงอุษาก็เริ่มเคลื่อนไหวตามจับร่างสถิตสัตว์หาง การอาระที่ขึ้นเป็นคาเสะคาเงะของซึนะงาคุเระพ่ายแพ้ต่อเดอิดาระและถูกจับตัวไปเพื่อดึงสัตว์หางออกจากร่าง ซึนาเดะได้รับการแจ้งข่าวจึงส่งนินจาไปช่วยเหลือยังหมู่บ้านซึนะงาคุเระ
คาคาชิ ซากุระ นารูโตะและย่าโจออกจากหมู่บ้านซึนะเพื่อไล่ตามไปชิงตัวกาอาระกลับมาและไปสมทบกับทีมไกที่ซึนาเดะส่งไปสนับสนุน แต่ไม่ทันการเพราะกาอาระถูกดึงสัตว์หางออกไปเสียแล้ว ซากุระกับย่าโจต้องสู้กับซาโซริและเอาชนะได้ ทางด้านเดอิดาระถูกคาคาชิเล่นงานด้วยเนตรวงแหวนจนต้องงัดไม้ตายออกมาใช้จึงหนีไปได้ ส่วนร่างไร้วิญญาณของกาอาระถูกย่าโจใช้พลังชีวิตของตัวเองส่งต่อให้ทำให้กาอาระฟื้นขึ้นมาอีกครั้ง
ทีมคาคาชิได้สมาชิกใหม่คือ ซาอิ นินจาจากหน่วยรากของดันโซและ ยามาโตะ อดีตหน่วยลับที่เข้ามารับหน้าที่หัวหน้าแทนคาคาชิที่ยังพักรักษาตัวอยู่ ทีมคาคาชิเดินทางไปยังสะพานเท็นจิเพื่อพบกับสายลับของซาโซริที่แฝงตัวอยู่กับลูกน้องของโอโรจิมารุ
นารูโตะปล่อยหางที่ 4 ออกมาต่อสู้กับโอโรจิมารุแต่ถูกยามาโตะใช้วิชาสะกดเอาไว้ ทีมคาคาชิไล่ตามโอโรจิมารุไปจนถึงรังลับจนได้พบกับซาสึเกะที่แข็งแกร่งกว่าแต่ก่อนมา ซาสึเกะจะใช้วิชาลับจัดการกับพวกนารูโตะแต่ถูกโอโรจิมารุห้ามเอาไว้ เป้าหมายที่จะนำตัวซาสึเกะกลับมาจึงล้มเหลวอีกครั้ง
ฮิดันกับคาคุสึออกปฏิบัติภารกิจและจับร่างสถิตสองหางไปได้ ทีมอาสึมะที่ไล่ตามจึงเข้าปะทะและจบลงด้วยการตายของอาสึมะ หลังงานศพของอาสึมะ ชิกามารุกับทีม 10 ออกจากหมู่บ้านเพื่อแก้แค้นโดยมีคาคาชิตามไปดูแลและสามารถเอาชนะฮิดันกับคาคุสึได้
ซาสึเกะกำจัดโอโรจิมารุและรวบรวมสมาชิกใหม่เพื่อหาเบาะแสของอิทาจิ ระหว่างนั้นเขาได้ต่อสู้กับเดอิดาระและเอาชนะได้อย่างยากลำบาก
จิไรยะพบรังลับของหัวหน้ากลุ่มแสงอุษาและพบว่าหัวหน้าของแสงอุษาก็คือเพนซึ่งเคยเป็นลูกศิษย์ของตนเอง จิไรยะต่อสู้กับเพนที่มีเนตรสังสาระและพ่ายแพ้ไปโดยก่อนตายเขาใช้พลังเฮือกสุดท้ายส่งรหัสลับเกี่ยวกับความสามารถของเพนกลับไปยังโคโนฮะ
ซาสึเกะต่อสู้กับอิทาจิอย่างเอาเป็นเอาตายโดยงัดเอาวิชาทั้งหมดออกมาใช้แต่ไม่สามารถเอาชนะพี่ชายได้และในขณะหมดหนทางสู้ต่อ อิทาจิได้ใช้นิ้วจิ้มไปที่หน้าผากของซาสึเกะก่อนจะล้มลงไปตาย เมื่อได้รู้ความจริงว่าสิ่งที่พี่ชายทำไปนั้นก็เพื่อโลกนินจา โคโนฮะและเพื่อน้องชายที่เขารักมากที่สุด ซาสึเกะร่วมมือกับโทบิในการจับพลังสถิตสัตว์หางและเพื่อเป้าหมายในการโจมตีโคโนฮะ
เพนเริ่มแผนการถล่มโคโนฮะโดยการสังหารเหล่านินจาไปเป็นจำนวนมาก ชิกามารุไขรหัสลับของจิไรยะได้สำเร็จจึงรู้ความสามารถของเพน เมื่อนารูโตะมาถึงหมู่บ้านก็ได้เข้าสู่โหมดเซียนและต่อสู้กับเพน จากนั้นก็ได้ไปหาร่างจริงของเพนซึ่งก็คือนางาโตะ เมื่อได้พบกับนารูโตะทำให้นางาโตะเชื่อใจและคืนชีวิตให้กับนินจาโคโนฮะที่ถูกเขาฆ่า
โทบิกำจัดโคนันเพื่อเอาเนตรสังสาระของนางาโตะมาใช้ร่วมกับเนตรวงแหวนและร่วมมือกับคาบูโตะในการสร้างกองทัพ พร้อมกับเปิดฉากสงครามโลกนินจากับแคว้นนินจายักษ์ใหญ่...
ภาพยนตร์การ์ตูน นินจานารูโตะ ตำนานวายุสลาตัน + ตอนพิเศษ
นารูโตะ ตอนผู้สืบทอดเจตจำนงแห่งไฟ
หน่วยคาคาชิได้รับภารกิจตามหา 4 นินจาขีดจำกัดสายเลือดที่หายไปจากทุกหมู่บ้านและพบเบาะแสบริเวณทิวเขาพระสุเมรุก่อนจะถูกศัตรูโจมตีจนต้องล่าถอย ผู้สืบทอดเจตจำนงแห่งไฟ
นารูโตะ ตอนหอคอยที่หายสาบสูญ
ทีมคาคาชินำโดย ยามาโตะ นารูโตะ ซาอิและซากุระได้รับภารกิจจากซึนาเดะให้คุ้มกันพิธีผนึกของรุ่น 4 ที่ซากเมืองโบราณกลางทะเลทรายแคว้นลมเพื่อจับกุมมุคาเดะ หอคอยที่หายสาบสูญ
นารูโตะตอนพิเศษ นารูโตะ ปะทะ โคโนฮะมารุ
ช่วงก่อนสงครามโลกนินจาครั้งที่ 4 จะเริ่มขึ้น แคว้นซึนะได้เป็นเจ้าภาพจัดการสอบจูนินขึ้นซึ่งนารูโตะกับโคโนฮะมารุที่ยังคงเป็นแค่เกะนินก็ร่วมเข้าสอบคัดเลือกด้วยเช่นกัน นารูโตะ ปะทะ โคโนฮะมารุ
นารูโตะ ตำนานวายุสลาตัน Chikara
ภาคพิเศษของนารูโตะที่ทีวีโตเกียวสร้างขึ้นเพื่อฉลองให้ในการที่ซีรีส์นารูโตะฉายครบ 500 ตอนโดยเนื้อเรื่องในตอนพิเศษนี้จะเริ่มตั้งแต่ตอนที่ 290 เป็นต้นไป นารูโตะ Chikara