ตระกูลอุจิวะ (Uchiha Clan)
• 1 ใน 4 ตระกูลชั้นสูงของโคโนฮะ อุจิวะเป็นตระกูลผู้ร่วมสร้างหมู่บ้านโคโนฮะร่วมกับตระกูลเซนจู ผู้สืบสายเลือดอุจิวะต่างได้ชื่อว่าเป็นนินจาอัจฉริยะโดยได้สืบทอดเนตรวงแหวนที่แข็งแกร่งส่งผลให้โคโนฮะมีกองกำลังที่ทรงพลังที่สุด แต่ความแข็งแกร่งเกินไปทำให้เกิดเรื่องน่าเศร้าขึ้นกับตระกูล
ตระกูลฮิวงะ (Hyuga Clan)
• 1 ใน 4 ตระกูลชั้นสูงของโคโนฮะ ฮิวงะเป็นตระกูลผู้สืบทอดเนตรสีขาวที่มีความพิเศษในการมองทะลุไปถึงโครงสร้างของวัตถุและมีวิสัยทัศน์การมองเห็น 360 องศา โครงสร้างตระกูลแบ่งออกเป็นตระกูลหลักและตระกูลสาขาโดยผู้นำตระกูลกล่าวอย่างภาคภูมิใจว่าฮิวงะแข็งแกร่งที่สุดในโคโนฮะ
ตระกูลอาบุราเมะ (Aburame Clan)
• 1 ใน 4 ตระกูลชั้นสูงของโคโนฮะ อาบุราเมะเป็นตระกูลผู้ใช้แมลงที่แข็งแกร่งที่สุดในโลกนินจา สมาชิกในตระกูลจะแต่งตัวมิดชิดเพื่อเลี้ยงแมลงจำนวนนับไม่ถ้วนในร่างกายเอาไว้ใช้เป็นอาวุธ ในทางกลับกันฝูงแมลงจะดูดกินจักระเป็นอาหาร ความสามารถของแมลงจะมีทั้งการต่อสู้ สอดแนมและติดตามศัตรู
ตระกูลยามานากะ (Yamanaka Clan)
• ตระกูลนินจาผู้ใช้คาถาควบคุมจิตใจเหมาะกับการทำหน้าที่หน่วยข่าวกรอง ตระกูลยามานากะมีความสามารถในการรวบรวมข่าวสาร ตรวจจับเป้าหมายผ่านจิต อ่านความทรงจำของเป้าหมาย สื่อสารข้อมูลผ่านโทรจิตและการใช้จิตเข้าไปปั่นป่วนหรือควบคุมร่างกายของเป้าหมายไม่ให้เป็นตัวของตัวเอง
ตระกูลนาระ (Nara Clan)
• ตระกูลนินจาผู้ใช้วิชาเงาในการพันธนาการเป้าหมายเอาไว้ อ้างอิงจากคำกล่าวของนินจาโอโตะทำให้รู้ว่าคาถาเงาเลียนแบบของตระกูลนาระเป็นที่เลื่องลือในโลกนินจา ยิ่งมีเงามากประสิทธิภาพการใช้วิชาก็จะยิ่งแข็งแกร่ง ตระกูลนาระยังเชี่ยวชาญการใช้ยาโดยมีตำรายาลับเฉพาะสืบทอดกันในตระกูล
หมายเหตุ: ตระกูลชั้นสูงของโคโนฮะมี 4 ตระกูลประกอบไปด้วย ตระกูลอุจิวะ ตระกูลฮิวงะ ตระกูลอาบุราเมะและตระกูลอาคิมิจิ